微量注射器是一种非常精密且易碎的设备，在使用时需要特别小心，以免损坏其准确度。在不使用时，应将其清洗并放入盒子中，避免随意玩弄或来回抽取，以免影响其气密性。
在使用前，应使用丙酮等溶剂将其清洗干净，以免污染样品；使用后也要立即清洗，以免样品中的高沸点物质污染注射器。一般可以按照以下顺序进行清洗：5% NaOH水溶液、蒸馏水、丙酮、氯仿，最后使用真空泵将其抽干。
在使用微量注射器时，需要注意以下几点：
1. 注射器要保持清洁，轻拿轻放。
2. 每次取样前，先抽取少量试样至注射器中再排出，如有需要可以多次进行，然后将注射器清洗干净。
3. 取样时，要多抽取一些试样至注射器内，并将针头朝上使空气泡上升排出，再将过量样品排出，保留需要的样品量。
4. 注射器内的气泡会对精确计算进样量产生影响，在定量工作中，必须设法排除气泡。可以将针头插入样品中，反复抽排几次即可。
5. 取样后，使用无棉的纤维纸（如擦照相机镜头用的纸）擦拭针头外部的样品，注意不要使针头内的样品流失。
6. 使用迅速而稳定的动作将注射器针头插入进样口橡皮垫，迅速进样后立即拔出。
熟练掌握进样操作对于数据的重复性和分离效能都有影响，因此必须予以重视。
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