全基因组甲基化测序（WGBS）是一种被广泛应用的甲基化测序技术，被认为是甲基化测序的"金标准"。该技术通过使用Bisulfite处理，将未甲基化的C碱基转换为U，经过PCR扩增后变为T，从而与已甲基化的C碱基区分开来。结合高通量测序技术和参考序列比对，可以确定CpG/CHG/CHH位点的甲基化状态，特别适用于绘制单碱基分辨率的全基因组DNA甲基化图谱。
肿瘤的发生和发展涉及肿瘤上皮细胞与其微环境之间的动态互作。目前，大部分关于肿瘤的表观基因组研究集中于上皮肿瘤细胞，而对于维持肿瘤表型的肿瘤微环境的分子特征研究较少。肿瘤相关成纤维细胞（CAF）是肿瘤微环境中的重要组成部分，可以促进肿瘤细胞的迁移和增殖。然而，关于CAF的表观基因组特征谱尚不清楚。
本研究利用WGBS技术对肿瘤相关成纤维细胞CAF和非恶性前列腺成纤维细胞NPF进行甲基化检测，并筛选出两者之间的差异甲基化区域DMR，并进行了DMR的注释。研究结果显示，CAF中的DMR富集在基因调控区域，与RNAseq的联合分析证明这些DMR对基因的转录产生调控作用。此外，CAF中的DMR基因注释结果显示，这些DMR富集在与肿瘤相关的信号通路中。筛选出的这些DMR可以用于前列腺癌的诊断。
[1] Pidsley R, Lawrence MG, Zotenko E, et al. Enduring epigenetic landmarks define the cancer microenvironment. Genome Res 2018; 28(5): 625-638. (IF: 10.101)
1
