大豆低聚糖是一种低甜度、低热量的甜味剂，含有约10%的低聚糖。它的甜度为蔗糖的70%，热量是每克8.36千焦耳，仅为蔗糖热量的一半，而且安全无毒。大豆低聚糖具有预防和治疗肠道疾病的保健功能。
大豆低聚糖的主要成份棉子糖和水苏糖对双歧杆菌有明显的增殖作用，对有害细菌几乎不起作用。它在肠道被双歧杆菌吸收利用，被发酵降解成短链脂肪酸和一些抗菌素物质，抑制了外源致病菌和肠内固有腐败细菌的增殖，减少有毒发酵产物及有害细菌酶的产生。
经实验研究证明，每天摄入10—15克大豆低聚糖，17天后双歧杆菌可由原来的0.99%增加到45%。在肠道内的双歧杆菌特别容易利用大豆低聚糖，产生乙酸和乳酸及一些抗菌素物质，从而抑制外源性致病菌和肠内原有腐败细菌的增殖。通过摄入功能性低聚糖来促进肠道内双歧杆菌的自然增殖是一种切实可行的方法。
由于人体肠道内没有水解水苏糖和面子糖的酶系统，大豆低聚糖很难或不会被人体消化吸收，因此，它所提供的能量值很低或根本没有，可作为原料在低能量食品中发挥作用，从而最大限度地满足那些喜欢甜食的又担心发胖者的需求。
长期摄入大豆低聚糖能减少体内的有毒代谢物质的产生，减少肝脏解毒的负担，所以在防止肝病和预防肝硬化方面有一定的作用。
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