分离氨基酸的对映异构物是一种成功的方法，已广泛应用于非对称蛋白酸。目前主要有四种固定液可供选择：（1）N－三氟乙酰氨基酸的高级醇酯，（2）Nー三氟乙洗二肽低级醇的，（3）Lー氨基酸酯的酰尿，和（4N－酰基氮基酸正烷基酰胺，其中（1）的效率不如后三者。通常，被分析的氨基酸会预先转化为挥发性的Nー三氟乙酰衍生物的酯。
分离的机理是基于固定液和溶质之间生成以氢键结合的络合体。这些络合体的稳定性不同，因此对映异构物在固定液上的保留时间也不同，从而实现分离。L－异构物在L－固定相上较D－异构物晚流出，在D－固定相上则相反。
氨基酸酯类固定液对于胺类化合物对映异构物只有很低的分离效率，但酰脲类固定液对于一些伯胺对映异构物的分离可以得到非常满意的结果，并可用以测定绝对光旋纯度（absolute optical purity）。
目前关于氨基酸对映异构物的分离还有很多研究正在进行。
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