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如何使用硅基质膜技术纯化回收核苷酸链和DNA片段? 1

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本试剂盒采用硅基质膜技术,通过简单的结合-洗涤-洗脱三步骤,能够从多种酶促反应液中纯化回收核苷酸链和DNA片段。该试剂盒适用于从去磷酸化、限制性内切酶酶切、连接、末端标记等反应产物中回收17-40mers的寡核苷酸片段。纯化过程能够去除10bp以下的寡核苷酸、盐和其他杂质,从而获得高纯度、完整性好、浓度高的DNA片段。纯化后的DNA片段可用于芯片分析、放射性和荧光测序、连接和转化、限制性酶酶切、标记、显微注射、PCR和体外转录等应用。

实验前准备

1. 本实验需要准备无水乙醇和离心管。

2. 本试剂盒可以无选择性地回收溶液中的所有DNA片段(可去除小于10bp的小片段),如果需要选择性回收特定片段并去除其他不同大小的片段,请选择胶回收试剂盒。

3. 使用前请检查Buffer1#是否出现结晶或沉淀,如果有,请在37℃水浴中加热几分钟以恢复澄清状态。

4. 第一次使用前,请按照试剂瓶标签的说明在Buffer3#中加入无水乙醇。

5. 回收率受初始DNA量和洗脱体积的影响。

6. 所有离心步骤均在室温下使用台式离心机进行。

操作步骤

1. 估计DNA反应液的体积,如果回收片段小于100bp,加入10倍体积的Buffer1#(例如PCR反应体系为50µl,则加入500µlBuffer1#);如果回收片段大于等于100bp,则只需要加入5倍体积的Buffer1#(例如PCR反应体系为50µl,则加入250µlBuffer1#)。

2. 柱平衡:向已吸附柱中(吸附柱应预先装入收集管中)加入200μlBuffer2#,以12,000rpm(~13,400×g)离心2分钟,倒掉收集管中的废液,将吸附柱重新放回收集管中。

3. 将步骤1中得到的溶液加入到已装入收集管的吸附柱中,室温放置2分钟,以12,000rpm离心1分钟。

注意:吸附柱容积为700µl,若样品体积大于700µl,可分批加入。

4. 离心后,倒掉收集管中的废液,将吸附柱重新放回收集管中。

注意:对于含有放射性的样品,离心后,将装有废液的收集管弃掉,将吸附柱放入一个新的收集管中。

5. 向吸附柱中加入600µlBuffer3#(使用前请先检查是否已加入无水乙醇),以12,000rpm离心1分钟,倒掉收集管中的废液,将吸附柱重新放回收集管中。

注意:对于含有放射性的样品,向吸附柱中加入450µlBuffer3#(请先检查是否已加入无水乙醇),以12,000rpm离心1分钟。将废液弃掉,将吸附柱重新放回收集管中,重复操作一次。

6. 以12,000rpm离心2分钟,倒掉收集管中的废液。将吸附柱放置于室温数分钟,以彻底晾干。

注意:这一步的目的是将吸附柱中残余的乙醇去除,乙醇的残留会影响后续的酶促反应(酶切、PCR等)。为确保下游实验不受残留乙醇的影响,建议将吸附柱开盖,置于室温放置数分钟,以彻底晾干吸附材料中残余的乙醇。

7. 将吸附柱放入一个新的离心管(自备),向吸附膜中间位置悬空滴加100-200µlBuffer4#,室温放置2分钟,以12,000rpm离心1分钟,收集DNA溶液。将DNA溶液保存在-20℃。

注意事项

1. 洗脱液的pH值对洗脱效率有很大影响。若使用水作为洗脱液,应确保其pH值在7.0-8.5范围内(可以用NaOH将水的pH值调整到此范围)。

2. 为了提高DNA的回收量,可将离心得到的溶液重新加回吸附柱中,重复步骤7。

3. 洗脱体积不应小于100μl,体积过少会影响回收效率。

4. 如果使用TE洗脱,应考虑其中含有的EDTA是否会影响后续的酶促反应。

5. 回收大于10kb的DNA片段时,应在50℃水浴中预热Buffer4#,适当延长吸附和洗脱时间,可增加回收效率。

主要参考资料

[1]寡核苷酸纯化试剂盒产品说明书

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