亚磷酸在国内被少数肥料企业添加，而在国外被广泛应用于农药中，作为杀菌剂的一部分。据说许多进口农药公司的杀菌剂中都含有亚磷酸作为助剂。目前，亚磷酸在肥料中的使用也越来越多，以提高肥料的效果。
亚磷酸盐通过激活植物自身的免疫系统和防御机制，发挥其抑菌作用。它可以改变真菌壁并抑制其进一步增殖，从而控制疾病的传播。因此，亚磷酸酯分子具有双重作用机制。
亚磷酸酯诱导的抗病反应是由于真菌感染引起的。亚磷酸钾还可以通过杀死周围的植物细胞使病原体壁脱落，从而提供一定程度的疾病保护。
亚磷酸盐是高度流动的分子，可以很容易地被植物吸收并在整个植物体内移动。因此，可以通过叶面喷洒和灌溉施肥的方式使用亚磷酸。
目前国内销售的亚磷酸均为亚磷酸钾，因为在国内暂时还没有取得登记证件。许多企业使用大量元素证件或高含量磷钾来规避登记要求，但产品中都突出了亚磷酸或特殊磷酸酐工艺。
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