因为中毒的影响，所以AFC的电解质设计有分静态(static)与流动态(flowing)两种。流动态电解质设计，氢氧化钾溶液在电池中是可以流动，形成电解质循环迴路，氢气则来自高压钢瓶，经过三通和调压阀后形成循环系统，在氢电极生成的液态水蒸发至氢气中，迁移到电池外的冷凝器，冷凝后再分离，回收利用，氢气则再与由氢源来的纯氢混合返回电池，阴极的氧化剂-空气进入电池内前，务必先将二氧化碳去除掉，以防止碳酸钾的产生，因为若氢氧根离子被碳酸根离子取代，氢氧化钾浓度逐渐变小，会影响电池的效率。
静态的电解质设计，氢氧化钾溶液是放在稳定高强度，防腐能力强的多孔矩阵结构内(如:石棉)，氢极上生成的水必须排除，而且要确保排出的水量与电化学生成的水量一致，因为若排出的水量少于生成的水量，电解质体积膨胀，会进入气体流道。若排出的水量多于生成的水量，电解质体积缩小，多孔矩阵结构形成空孔状态，会造成氢气、氧气的乱窜。这两种现象，最后都可能导致电池的损坏。由于静态设计的电解质无法像流动态设计的电解质一样可以随时更换或补充新的电解质，为了避免电解质遭受空气中二氧化碳的中毒现象，因此阴极的氧化剂必须採用纯氧。
现在进一步发展的硷性燃料电池还有金属氢化物燃料电池(metal hydride fuel cell)和直接溴化氢燃料电池(direct borohydride fuel cell)。世界上第一个使用燃料电池的船就是应用硷性燃料电池，它是由Christian Machens 所製造的HYDRA，功率可达6.5 kW。最近比较有趣的发展是固态硷性燃料电池(solid-state alkaline fuel cell)，这是United Kingdom的Surrey大学领先开拓出来的。
