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qPCR引物设计问题(急急急急急!)?

请求各位朋友的帮助:
本人即将要做qPCR—菌种定量的实验,我想的是针对目的菌株设计出特异性引物,其他杂菌不会扩增出相应的基因,请问要怎样设计这种类型的特异性引物呢,我看了很多硕博论文,还不是特别明白,希望朋友能够指点迷津,已经卡在这个点卡了一个多星期了,一直没有进展。
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共1个回答
你可以查找该目的菌种相关文献,最好找到全基因组序列,可以找到该菌种某些基因序列的登陆号,从ncbi中得到全序列,再利用引物设计软件设计特异性引物,一般定量引物比较短,扩增前段200pb左右;如果没有公布的目的基因全长或前段,你可以找其他菌种具有公开的基因全长设计非特性引物,再对你的目的菌进行扩增,测序,比对等鉴定过程;另一种方法就是设计某一基因的引物,做race获得基因全长,再设计定量引物;最后另一种方法就是拿钱让试剂公司做该菌种的转录组测序,在获得的结果中找到你感兴趣的基因设计定量引物!以上方法仅供参考!

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