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如何使用凝胶DNA回收试剂盒进行DNA纯化? 1

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凝胶DNA回收试剂盒是一种专门用于从DNA琼脂糖凝胶中回收目的DNA的试剂盒。它采用了融胶液,可以完全融化琼脂糖凝胶。同时,它还采用了一种新型的离子交换柱,在特定条件下,能够快速将DNA结合到DNA纯化柱上,并在一定条件下将其洗脱,实现DNA的快速纯化。使用该试剂盒,无需酚氯仿抽提和酒精沉淀,仅需不到20分钟即可完成纯化过程。

每个DNA纯化柱最多可以结合约15微克的DNA。

该试剂盒适用于从DNA琼脂糖凝胶中快速提取含有目的DNA的凝胶块。这些目的DNA可以是PCR产物、质粒DNA酶切产生的DNA片段、超螺旋质粒DNA经单酶切后的线性化产物以及DNA连接产物等。

该试剂盒适用于纯化100bp-10kb的DNA,并且可以完全去除长至30个碱基的引物。

凝胶DNA回收电泳胶图

该试剂盒的DNA回收效率通常为60-90%。接近100bp或大于10kb的DNA片段的回收效率略低一些,而大于10kb的DNA片段的回收效率则会迅速下降。此外,如果样品中的DNA含量特别低,也会导致回收效率下降。

通过该试剂盒纯化得到的DNA可以直接用于酶切、连接、转化细菌、测序、PCR、杂交等后续操作。

在使用该试剂盒时,需要注意以下事项:

1、电泳时最好使用新的电泳缓冲液,以免影响电泳和回收效果。如果下一步实验要求较高,应尽量使用TAE电泳缓冲液。

2、切胶时,紫外照射时间应尽量短,以免对DNA造成损伤。

3、回收小于100bp或大于10kb的DNA片段时,应增加溶胶液的体积,并延长吸附和洗脱的时间。

4、回收率与初始DNA量和洗脱体积有关,初始量越少、洗脱体积越小,回收率越低。

5、除非另有说明,所有离心步骤均应在室温下使用台式离心机进行。

该试剂盒的应用领域有哪些?

研究了类病毒cDNA体外连接产物回收中出现的非特异条带原因

琼脂糖凝胶电泳是分子生物学试验中常用的DNA分析方法。

通过琼脂糖凝胶电泳分析和回收类病毒cDNA体外连接产物时,常常发现回收的产物中存在单倍体和其他非目标条带。为了探究这种现象的原因,本研究进行了相关实验。

实验结果如下:

1.通过PCR扩增和体外连接获得类病毒cDNA单倍体、二倍体及二倍体以上的多聚体片段混合产物样品,通过琼脂糖凝胶电泳回收其中的二聚体,再经过聚丙烯酰铵凝胶(PAGE)电泳,结果显示除了二聚体外,从两种产物中还回收到了单倍体和其他非目标条带。

2.通过体外连接,获得其他类型的DNA样品,如桃潜隐花叶类病毒(PLMVd)和真菌TP-3-1延伸因子的单倍体、二倍体及二倍体以上的多聚体片段混合产物,然后通过琼脂糖凝胶电泳回收其中的二聚体,结果显示对所有样品回收的二聚体产物中均存在单倍体和其他非目标条带。这表明这种现象不仅存在于类病毒cDNA中,而且也存在于其他类型的DNA中,是一种普遍现象。

3.选取通过PCR获得的类病毒cDNA单倍体、二倍体及二倍体以上的多聚体片段混合产物,使用4种不同品牌的琼脂糖凝胶回收试剂盒回收其中的二聚体,回收产物经过PAGE电泳,结果显示回收产物中除二聚体外均有单倍体和非目标条带,表明这种非特异反应与选用的胶回收试剂盒品牌无关。

参考文献

[1]A rapid and efficient procedure for the purification of DNA from agarose gels.S.C.Girvitz,S.Bacchetti,A.J.Rainbow,F.L.Graham.Analytical Biochemistry.1980

[2]Activation and Repression at the Escherichia coli ynfEFGHI Operon Promoter.Meng Xu,Stephen J.W.Busby,Douglas F.Browning.Journal of Bacteriology.2009

[3]Fangman W L.Nucleic Acids Research.1978

[4]A reliable method for the recovery of DNA fragments from agarose and acrylamide gels.Dretzen G,Bellard M,Sassone-Corsi P,et al.Analytical Biochemistry.1981

[5]刘森.类病毒cDNA体外连接产物回收中出现的非特异条带原因探究[D].华中农业大学,2016.

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