超声后有点沉淀是可以理解的,异源蛋白在BL21表达时由于表达量比较高,很可能是有一部分以可溶形式存在,还有一部分是包涵体的形式存在,超声后细胞碎片以及包涵体经离心后会沉下。如果你的包涵体比较多,这个沉淀的量还是很可观的。你的破壁条件是很常用的,一般为了保护机器都是要间歇性的超声,5/5用的很多。100次(16.7min)也足够了,但不同的菌株可能有不同,我以前做的几个菌株从10min到25min都有,但一般而言,如果你的蛋白不是是包涵体,建议超声时间不宜太长,机械剪切力的影响必须考虑进去。给你举个例子,我在做一个蛋白时超声时间设定在25min,吵完后12000rpm×10min结果什么东西都离不下来,但PAGE发现其实很多蛋白都已经降解了,整个条带像火箭电泳一样。超声时注意的因素也就那么几个。(1)首先是必须低温,可以采用冰浴的方法控制温度。(2)超声量不要太多,这个要自己去摸索,一定功率下的超声体积太大很容易破壁不完全。(3)菌体浓度不要太高,沉淀后的菌体重悬时控制好比例。超声时有泡沫出现的确不是件好事,很可能部分蛋白已经变性失活,但也并不像你想象的那样蛋白酶活就全没有了,可以测定一下还剩多少。超声时出现泡沫的控制方法我没有专门试过,但我想两个条件控制好应该会减轻这个现象。(1)控制超声时间,不要无意义的延长时间;(2)变辐杆下端深入液面以下多少要合适,太多太少都不行。其实超声条件的摸索还是一件比较简单的事情的,你可以取适量的菌液,设定功率,间隔不同的时间取样,革兰染色检测破碎效果,从而确定超声工艺,这是最简单的办法,也是最可行的办法。