Cy为花菁(Cyanine)的缩写，也叫菁染料；Cy系列染料是具有多聚次甲基桥链化学结构特点的一类荧光染料。Cy染料的次甲基桥链（1-7个次甲基）两端常常连着两个氮原子，其中一个氮原子带正电，从而Cy染料形成具有离域正电荷效应的介离子化合物。因为这个结构特点，Cy染料的消光系数ε非常高。桥链长度和两端的发色团直接控制着染料的吸收峰和发射峰值，从而让Cy系列染料可以覆盖从紫外到远红外的几乎所有常用荧光谱带。Cy系列荧光染料常被用于蛋白、抗体以及小分子化合物的标记。
新维创生物CY3-COOH结构式：
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Cy3 (Cyanine 3) 是一种发橘黄色荧光的花青素荧光染料。它的荧光很亮,对pH不敏感,并且处在肉眼较敏感的可见光区,在绝大多数荧光仪器上都可使用。
