从鼻腔拭子中筛选微生物DNA，用16SrDNA的通用引物可以吗?

看你的实验目的，如果只是单纯的想了解群落结构和物种构成的话，做16s就可以了，这样的话3-5个棉拭子提供给公司一般是没有问题的。不用担心宿主污染的问题，因为引物特异性可以一定程度避免这个干扰。但是如果您要关注的除了群落结构和物种，还想关注微生物功能，就要做宏基因组了。不过做宏基因组需要的样本量会多一些，另外，考虑到可能的宿主污染，可以加大测序数据量，通过比对宿主基因组的方法除去一部分宿主污染的数据。